Ultraman Nexus mengikuti kisah seorang pemuda yang mendapatkan kekuatan untuk berubah menjadi Ultraman dan melindungi bumi dari ancaman makhluk asing yang dikenal sebagai Dark Zagi. Dalam prosesnya, ia harus menghadapi berbagai tantangan emosional dan fisik yang menguji keberanian serta tekadnya sebagai seorang pahlawan. Selain pertarungan epik, cerita ini juga menyelami hubungan antara Ultraman Nexus dan manusia di sekitarnya, menyoroti perjuangan menjaga keseimbangan antara identitas sebagai manusia dan sebagai pelindung bumi. Konflik antara kebenaran dan keadilan menjadi tema utama yang mewarnai perjalanan sang pahlawan ini.