Mr. Magical Girl mengikuti kisah seorang pria yang secara tiba-tiba berubah menjadi gadis ajaib dengan kemampuan luar biasa. Di tengah kebingungannya, ia harus menghadapi berbagai tantangan dan musuh yang mengancam dunia dengan kekuatan barunya tersebut. Selama perjalanan, ia belajar memahami identitas dan kekuatannya sendiri serta menemukan nilai persahabatan dan keberanian. Komik ini mengeksplorasi tema perubahan diri dan penerimaan dalam balutan kisah penuh aksi serta humor segar.