Mayonaka Heart Tune mengisahkan tentang seorang remaja bernama Haru yang menemukan kekuatan khusus saat tengah malam. Dia mampu mendengar irama hati orang-orang di sekitarnya, yang membantunya memahami perasaan orang lain dengan lebih dalam dan memecahkan masalah yang sulit diungkapkan lewat kata-kata. Namun, kemampuan ini juga membawa tantangan tersendiri karena tidak semua irama hati mudah ditangkap atau diterima. Dalam perjalanan ceritanya, Haru bertemu dengan berbagai tokoh yang memiliki kisah hidup penuh liku. Dia belajar untuk tidak hanya mendengarkan, tetapi juga memahami dan menerima perbedaan perasaan setiap orang. Mayonaka Heart Tune menunjukkan bagaimana empati dan keberanian menghadapi rahasia hati dapat menguatkan hubungan antar manusia dan mengubah hidup Haru serta orang di sekitarnya.