Blood Rain Zero mengikuti kisah seorang pembunuh bayaran yang berusaha menghapus masa lalunya yang kelam di sebuah dunia gelap penuh konflik dan pengkhianatan. Setelah sebuah peristiwa tragis, ia memutuskan untuk memulai hidup baru namun selalu dibayang-bayangi oleh bayangan darah yang pernah tumpah. Dalam perjalanan mencari kedamaian, ia bertemu dengan berbagai karakter yang memperumit takdirnya. Pertarungan batin dan fisik yang ia alami membuka lapisan cerita tentang keadilan, pengampunan, dan perjalanan menemukan jati diri di tengah kekacauan.